Una media de 4.000 viajeros diarios es el volumen de usuarios que utiliza el tren de Cercanías para llegar o salir de San Fernando. Esta cifra corresponde a la suma de las dos estaciones de Cercanías del municipio, San Fernando-Centro y San Fernando-Bahía Sur.

Renfe pone en servicio 54 trenes de Cercanías diarios entre San Fernando-Bahía Sur y Cádiz, 27 por sentido. De ellos, 23 servicios diarios por sentido enlazan las estaciones de San Fernando Centro y Cádiz.

Hacia Jerez la oferta es de 46 trenes diarios, 23 por sentido. El servicio de Cercanías permite también conectar San Fernando (tanto Bahía Sur como San Fernando-Centro) con el Aeropuerto de Jerez mediante 6 trenes diarios, 3 por sentido.

Las horas consideradas punta en Cercanías son estas: 

6.00-9.00 horas

13.30-15.30 horas

18.30-20.30 horas

Por otra parte, la oferta de servicios con Madrid (con paradas en San Fernando, Puerto de Santa María y Jerez) es de 6 frecuencias (3 por sentido) de lunes a jueves y los sábados y de 8 (4 por sentido) los viernes y domingos, con un tiempo de viaje de aproximadamente 4 horas.

También, la operadora ofrece cada día trenes Media Distancia que comunican a diario San Fernando-Bahía Sur con Sevilla (26 trenes), Córdoba (14 trenes) y Jaén (8 trenes).